C’est la troisième église construite sur le même terrain, la base du clocher et certains appuis côté nord sont des vestiges de la première bâtisse.
"L’ancienne église bâtie en briques n’avait aucun caractère architectural. C’était un monument lourd, traversé par deux chapelles à son chevet et lui donnant la forme d’une croix latine... Elle était lambrissée à l’intérieur et surmontée d’un petit clocher sans caractère..." Abbé Dubourg

Pendant le siège de 1652, il y eut de gros dégâts et le clocher fut en partie détruit. Les consuls de la ville : P. BELBEZE bourgeois, Fabien DAVACH juge et Louis MERLE marchand, après délibération de la Jurade, décidèrent la reconstruction du clocher. Ils confièrent les travaux à Jean LARROCHE, maître maçon à Agen. Le chantier commença le 8 octobre pour finir le 15 mars 1709 suivant. Les consuls devaient lui fournir les matériaux et la main d’oeuvre pour creuser les fondations. Le nom de ces consuls est gravé sur le blason du clocher. Une sonnerie de 4 cloches est installée. La charpente a besoin de réparations et en 1826, une partie du toit s’effondre. Un emprunt est approuvé par ordonnance du roi Charles X. D’autres travaux suivront.

Puis en 1870, arrive l’abbé CARPUAT (né à Bazens en 1840). Aidé par le Conseil de Fabrique et les dons de la population, il rassemble les fonds nécessaires pour rebâtir le monument presque en ruine qui devint une très belle église ogivale. Ensuite, le Conseil Municipal vote la remise en état du presbytère et en 1884, on prépare la construction des deux chapelles. L’abbé fera participer les riches familles qui offrent les vitraux. Leurs noms sont inscrits sur ces œuvres d’art réalisées par un peintre verrier de Bordeaux M. DAGRANT. Ces vitraux, plus tard seront restaurés par la municipalité de René CAPUS.
Malheureusement, en 1883 l’abbé Carpuat est nommé au couvent d’Agen puis curé-archiprêtre de Beauville en 1886. Il est remplacé par l’abbé Mialhe et en 1888, le nouveau curé de Caudecoste, l’abbé Jean Grabias complètera les travaux et préparera la consécration de l’église.
La nef est enrichie par trois tableaux du 19ème , inscrits au patrimoine :

• la Descente de croix 1850
  
• La Nativité début 19ème
  
• La Sainte Famille 1813 de RIGAL PINXIT
  

L’église est consacrée solennellement le 4 novembre 1894 par l’évêque du diocèse Monseigneur COEURET-VARIN.

L’abbé CARPUAT comptait finir ses jours à Caudecoste, mais il décéda à Beauville en 1904. Il repose auprès des siens au cimetière de notre bastide.

En 1900, construction de 2 sacristies par M. TRABUCHET, maçon du village.